Rektorát je výkonným aparátem univerzity. Na rektorátu se uskutečňuje organizační, koordinační, konzultačně poradní, evidenční a kontrolní činnost v oblasti studijní, vědecké, ekonomické, personální, právní, vnějších vztahů, včetně zahraničních styků, a vnitřní správy. Rektorát zabezpečuje po stránce materiální a administrativní činnost orgánů UK. Činnosti a organizační struktura jsou popsány v Organizačním řádu rektorátu - OR č. 17/2022.

Na rektorátu jsou zřízeny tyto organizační útvary:

a. Kancelář rektorky

b. Kancelář kvestora

c. odbory rektorátu:

Bezpečnostní odbor

Centrum celoživotního vzdělávání

Ekonomický, personální a mzdový odbor

Odbor analýz a strategií

Odbor kvality vzdělávací činnosti a akreditací

Odbor pro studium a záležitosti studentů

Odbor pro vědu a výzkum

Odbor projektové podpory

Odbor spisové služby

Odbor veřejných zakázek

Odbor vnějších vztahů

Odbor výstavby

Odbor zahraničních vztahů

Právní odbor

UK Point

d.

Odbor vnitřního auditu a kontroly