Univerzita Karlova v Praze vyhlásila v roce 2012, v souladu se svým Dlouhodobým záměrem na roky 2011–2015, Programy rozvoje vědních oblastí na Univerzitě Karlově (PRVOUK). Tyto programy jsou určeny k institucionální podpoře rozvoje vědy na UK s využitím finančních prostředků, které jsou univerzitě poskytovány státem jako „institucionální podpora na dlouhodobý koncepční rozvoj výzkumné organizace“. Programy, pokrývající všechny hlavní vědní oblasti pěstované na UK, sdružují především akademické a vědecké pracovníky a studenty doktorských a magisterských studijních programů. Cílem je, aby institucionální financování podle nového mechanismu vedlo nejen k reprodukci dosavadního vědeckého výkonu a kvality, ale zejména k jejich dalšímu zlepšování.
V roce 2011 také Univerzita Karlova vyhlásila první ročník soutěže Univerzitních výzkumných center (UNCE). Tato účelová podpora je zaměřena na podporu mladých, perspektivních akademických pracovníků v rámci nejkvalitnějších skupin základního výzkumu. Finanční podpora UNCE umožní rozvíjet a prohlubovat vědecko-výzkumnou činnost těch center, kde řešitelský kolektiv již dosáhl mezinárodně uznávaných výsledků. Předpokládaná doba trvání činnosti těchto center je maximálně 6 let.
Hlavním cílem Soutěže vysoce kvalitních monografií je podpora autorů a jejich mateřských fakult či dalších univerzitních součástí. Soutěž monografií tak svým charakterem doplňuje stávající systém přidělování institucionálních prostředků vysokým školám a jejich součástem. Hodnocení nejvýznamnějších monografií UK dvěma jedenáctičlennými odbornými komisemi tak jasně stanovuje standardy i úroveň náročnosti pro jednotlivé typy publikací, které si činí nárok být považovány za klíčové ve svých vědeckých oborech. Hodnocení kvality posuzovaných publikací se promítá do zisku bodů od hodnotící komise a tím i do finančního ohodnocení pro autory publikací a jejich fakulty/součásti UK.
Dalším nově realizovaným interním programem je Bonus, který od roku 2012 zajišťuje systémové odměňování akademických pracovníků UK, kteří získali významné a prestižní zahraniční i české granty. Cílem tohoto projektu je motivovat vědecké pracovníky k větší aktivitě při podávání žádostí zejména o prestižní evropské granty, jejichž příprava je velmi náročná a kromě unikátního vědeckého nápadu vyžaduje i nemálo administrativní práce.
Již tradičním způsobem financování vědy na Univerzitě Karlově je interní Grantová agentura UK fungující s postupnými obměnami a úpravami v souladu s platnou legislativou již od roku 1993. Jejím hlavním cílem je podpořit studenty v jejich začínající vědecké práci tak, aby byli poté schopni zpracovat a realizovat vědecký projekt i v ostatních grantových agenturách. Vzhledem k tomu, že agentura za dobu své činnosti již získala velmi dobrou pověst, počet žádostí o podporu nových projektů se každoročně zvyšuje.
Také Soutěž specifického vysokoškolského výzkumu (SVV) je velmi efektivním nástrojem pro podporu výzkumu zejména studentů doktorských studijních programů. Díky této formě podpory z veřejných prostředků je umožněno nejen povzbudit studenty k jejich samostatné vědecké práci, ale zároveň je také velmi přirozeným způsobem vtáhnout hlouběji do odborné činnosti řešitelských týmů. Díky Soutěži SVV se do vědecké činnosti fakult zapojilo mnoho doktorských i magisterských studentů, kteří si osvojili přístup k vědecké literatuře, práci s odborným vybavením fakultních pracovišť a zúčastnili se vybraných prací i terénního výzkumu. Studenti svůj vlastní přínos dokázali doložit především vysokým počtem vlastních nebo spoluřešitelských publikačních výstupů, často i v prestižních zahraničních časopisech.
V roce 2011 byly Univerzitě Karlově poskytnuty celkové prostředky na vědu a výzkum ve výši 2 749 768 tis. Kč. Opět převládají prostředky neinvestičního charakteru, které tvoří 96,1% všech prostředků. Z přidělených prostředků bylo využito a spotřebováno 2 680 927 tis. Kč (z toho formou spoluřešitelských vztahů bylo dále přeneseno 109 001 tis. Kč), do Fondu účelově určených prostředků (dále jen FÚUP) bylo převedeno 60 216 tis. Kč a poskytovatelům bylo vráceno 8 625 tis. Kč. V relativním vyjádření činila vratka 3 promile původně poskytnutých prostředků.
I v této oblasti zůstává největším dílčím poskytovatelem prostředků MŠMT, na celkově přijatých prostředcích se podílelo ze tří čtvrtin. Druhým největším poskytovatelem je Grantová agentura ČR s podílem 13,6%, třetí v pořadí je IGA MZ s podílem ve výši 5,8%. Zbývajících 4,8% podílu je složeno z více než desítky dílčích poskytovatelů, z nichž výraznější samostatnou část zaujímají projekty 7. rámcového programu.
Z hlediska jednotlivých druhů dotace na vědu a výzkum je stěžejní položkou již druhým rokem institucionální podpora dlouhodobého koncepčního rozvoje výzkumné organizace. Tento dotační titul meziročně vzrostl na více než dvojnásobek a stačil tak pokrýt zásadní pokles institucionální podpory výzkumných záměrů. Bližší pohled na dílčí druhy dotací v řazení dle výše poskytnutých prostředků podává podrobnější informace o jejich využití:
Z celkové hodnoty institucionální podpory (IP) na dlouhodobý koncepční rozvoj ve výši 1 078 834 tis. Kč bylo na konkrétní výdaje ve vědě a výzkumu spotřebováno 1 030 200 tis. Kč, do FÚUP bylo převedeno 48 634 tis. Kč, vráceny nebyly žádné prostředky.
Z hodnoty prostředků poskytnutých na VaV z ostatních kapitol státního rozpočtu ve výši 601 802 tis. Kč bylo spotřebováno 592 948 tis. Kč, do FÚUP bylo převedeno 3 948 tis. Kč, hodnota vrácených prostředků činila 4 906 tis. Kč, z toho nejvyšší vratka byla vůči IGA MZ ve výši 3 513 tis. Kč.
Z celkové hodnoty účelové podpory vědy a výzkumu z MŠMT ve výši 541 155 tis. Kč bylo spotřebováno 535 220 tis. Kč, 5 826 tis. Kč bylo převedeno do FÚUP a 109 tis. Kč bylo vráceno.
Z IP na uskutečňování výzkumných záměrů ve výši 447 151 tis. Kč bylo spotřebováno 442 592 tis. Kč, do FÚUP bylo převedeno 1 712 tis. Kč, vráceno bylo 2 847 zejména z důvodu nepokračování u některých výzkumných záměrů.
Na projekty 6. a 7. rámcového programu byly poskytnuty prostředky v celkové výši 62 392 tis. Kč, které byly beze zbytku spotřebovány.
Na všechny zbývající tituly vědy a výzkumu bylo poskytnuto 18 434 tis. Kč, spotřebou bylo vyčerpáno 17 575 tis. Kč, do FÚUP bylo převedeno 96 tis. Kč a 763 tis. Kč bylo vráceno poskytovatelům.