Na Univerzitě Karlově je magisterské studium realizováno jako navazující na bakalářské studijní programy. Jeho standardní doba je dva roky.
Pouze v určitých programech, podléhajících obecně stanoveným standardům, je magisterské studium realizováno jako samostatné (jinak též „dlouhé,“ tedy nenavazující na bakalářské) se standardní dobou studia pět až šest let.
Nabízené studijní programy a obory vycházejí z letité tradice Univerzity Karlovy v oblastech společenských, humanitních, přírodovědných i medicinských věd. Tyto obory odpovídají nejvyšším nárokům kvality evropského vzdělávání. Všechny navazující magisterské programy jsou akreditovány v souladu s požadavky boloňského systému evropského vzdělávání, čemuž odpovídá i jejich strukturace a uplatňování kreditního systému ECTS.
Studium na Univerzitě Karlově je pojato tak, aby mohlo být začleněno do mezinárodní komunity vysokých škol a mohla být takto rozvíjena mobilita studentů a zvýšena prostupnost studijních programů uvnitř fakult, mezi jednotlivými fakultami i mezi ostatními vysokými školami, včetně zahraničních – tedy v takzvané trojstupňové struktuře (bakalářské studium, navazující magisterské studium a doktorské studium).
Začlenění do mezinárodní komunity vysokých škol poskytuje studentům obsáhlé možnosti stáží a výjezdů, např. v rámci prestižního programu Erasmus. Tyto studijní pobyty se těší neustále rostoucímu zájmu – v posledních letech dosahuje účast až tisícovky studentů ročně.
K mnohostranně výhodnému mezinárodnímu obohacování přispívá i sama Univerzita Karlova širokou nabídkou programů v anglickém jazyce.
V poslední době nabízí Univerzita Karlova i studijní obory akreditované ve spolupráci se zahraničními univerzitami. Jsou to École des hautes études en sciences sociales v Paříži, Universita degli studi di Catania v Itálii, Roehampton University v Londýně, University College v Londýně, University of Helsinki, University – Higher School of Economics v Moskvě, Université de Toulouse le Mirail, Université Catholique de Louvain-la-Neuve v Belgii a podobně. Tyto obory bývají obvykle nabízeny studentům třetích zemí, ale ve vzrůstající míře se do nich mohou hlásit i čeští uchazeči. Absolventi studia získají buď jeden společný diplom, nebo diplomy ze škol, na nichž studium absolvovali.