Habilitační řízení a řízení ke jmenování profesorem jsou na UK zahajována v oborech, které jsou akreditovány ve smyslu zákona č. 111/1998 Sb., o vysokých školách.

O zahájení řízení ke jmenování docentem i profesorem může požádat každý uchazeč, který splňuje požadavky stanovené zákonem o vysokých školách a vnitřními předpisy a dokumenty UK (Řád habilitačního řízení a řízení ke jmenování profesorem a Opatření rektora č. 8/2007). Uchazeč musí předložit všechny požadované doklady stanovené výše jmenovaným zákonem. Doporučující požadavky, se kterými by se uchazeč pro svou orientaci měl seznámit již před zahájením řízení, jsou obsažena v Opatření rektora č. 28/2007, resp. Opatření rektora č. 17/2012. Pozornost by měla být též věnována ustanovením Jednacího řádu Vědecké rady UK.

Administrativně jsou všechna řízení zajišťována vždy vědeckým oddělením příslušné fakulty, na RUK je zajišťuje odbor pro vědu a výzkum. Žádosti o jmenování docentem a profesorem předloží děkan po schválení vědeckou radou fakulty rektorovi UK. Na odboru pro vědu a výzkum je každá žádost zaevidována, zpracována a připravena k posouzení prorektorovi pro doktorské studium a akademické kvalifikace. Kontrola spočívá v prostudování předložených materiálů, které musí obsahovat všechny náležitosti ve smyslu zákona o vysokých školách č.111/1998 Sb. Není-li tomu tak, je příslušná fakulta, resp. její odd. vědy, vyzváno, aby zajistilo doplnění či přepracování návrhu, který neodpovídá požadavkům stanoveným výše uvedenými předpisy. Po případném odstranění formálních nedostatků je návrh na jmenování docentem či profesorem předložen prorektorem pro doktorské studium a akademické kvalifikace k posouzení rektorovi UK, který návrhy projedná v Kolegiu rektora (dále jen "KR"). V případě žádosti o jmenování docentem pak rektor UK na základě kladného stanoviska KR jmenuje dopisem rektora uchazeče docentem s účinností od prvního dne následujícího měsíce ve smyslu Řádu habilitačního řízení a řízení ke jmenování profesorem UK. Návrh na jmenování profesorem se stanoviskem KR předloží rektor UK k rozhodnutí Vědecké radě UK (dále jen "VR UK"). Vyskytnou-li se v průběhu projednávání návrhů na jmenování docentem i profesorem jakékoliv pochybnosti věcného charakteru, vyzve rektor UK písemně děkana příslušné fakulty, aby se k návrhu vyjádřil. Jestliže pochybnosti KR přetrvávají i po vyjádření děkana fakulty a rektor UK s návrhem nesouhlasí, předloží toto řízení s odůvodněním svého nesouhlasu VR UK ve smyslu zákona o vysokých školách č. 111/1998 Sb. a Řádu habilitačního řízení a řízení ke jmenování profesorem. V případě kladného stanoviska VR UK, která o návrhu hlasuje tajným hlasováním, rektor uchazeče habilitačního řízení jmenuje dopisem rektora docentem s účinností od prvního dne následujícího měsíce. Návrhy na jmenování profesorem, schválené tajným hlasováním VR UK, předkládá rektor UK prostřednictvím ministra školství, mládeže a tělovýchovy k rozhodnutí prezidentu ČR. Nezíská-li návrh na jmenování docentem či profesorem většinu hlasů všech členů VR UK, řízení se zastavuje a uchazeč je o výsledku informován písemným rozhodnutím rektora UK.

Jmenovací dekrety jsou novým profesorům vysokých škol předávány na slavnostním shromáždění v Karolinu. Organizačně akci zajišťuje Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, odbor vysokých škol. Nově jmenovaní profesoři UK jsou na akci zváni dopisem rektora UK.

Jmenovací dekrety novým docentům jsou předávány též na slavnostním shromáždění v Karolinu. Organizačně akci zajišťuje odbor pro vědu a výzkum RUK. Stejně jako nově jmenovaní profesoři jsou i nově jmenovaní docenti UK na předávání jmenovacích dekretů zváni dopisem rektora UK.