Fakulty Katolická teologická fakulta Evangelická teologická fakulta Husitská teologická fakulta Právnická fakulta 1. lékařská fakulta 2. lékařská fakulta 3. lékařská fakulta Lékařská fakulta v Plzni Lékařská fakulta v Hradci Králové Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Filozofická fakulta Přírodovědecká fakulta Matematicko-fyzikální fakulta Pedagogická fakulta Fakulta sociálních věd Fakulta tělesné výchovy a sportu Fakulta humanitních studií Rektorát

Další součásti Vysokoškolské ústavy Ústav dějin UK a Archiv UK Centrum pro teoretická studia Centrum pro ekonomický výzkum a doktorské studium Jiná pracoviště Ústav výpočetní techniky Ústav jazykové a odborné přípravy Ústřední knihovna UK Centrum pro otázky životního prostředí Centrum pro přenos poznatků a technologií Agentura Rady vysokých škol Účelová zařízení Koleje a menzy Arcibiskupský seminář Nakladatelství Karolinum Správa budov a zařízení