Pracovníci univerzity se ve velké míře zapojují do mezinárodní spolupráce ve výzkumu a vývoji. Z tohoto hlediska jsou významné především projekty 7. rámcového programu EU pro vědu (ke konci roku 2012 se UK podařilo získat celkově již 97 projektů – nejvíce v ČR). Mezi nimi jsou nejprestižnější zejména projekty Evropské výzkumné rady (ERC), které v současnosti představují nejkompetitivnější grantový systém na světě. V jedné ze tří kategorií, „Starting Independent Researcher Grant“, kde se průměrná úspěšnost žadatelů pohybuje pod 10 %, uspěli v roce 2010 hned dva mladí pracovníci UK, doc. Král’ (MFF) a dr. Roithová (PřF).

Velká míra zapojení spadá také do programů MŠMT na podporu vědeckovýzkumné mezinárodní spolupráce KONTAKT, COST a INGO, dále do programu „Public Health“ a „Lifelong Learning: Erasmus, Jean Monet“.

V tomto roce i v následujících letech se Univerzita Karlova aktivně zapojuje do přípravy nového rámce pro financování vědy, výzkumu a vývoje v rámci společného evropského programu Horizont 2020.

Referát pro mezinárodní spolupráci ve vědě a výzkumu, vznikl na rektorátě Univerzity Karlovy v lednu 2002, je aktivním prostředníkem komunikace mezi fakultami a součástmi UK, rektorátem, Akademií věd, dalšími tuzemskými a zahraničními partnery v oblasti mezinárodní spolupráce ve vědě, výzkumu a vývoji.